منذ تأسيس المركز عام  1971، وهو يعاني الكثير من الإشكالات الإدارية بسبب تسميته "مركز" إذ يتم ربطه خطأ بالمراكز البحثية، خاصة بعد صدور قانون المراكز البحثية، مما يخلق إرباكا شديدا في المخاطبات والمهام الأساسية له، وإزالة لهذا الالتباس من جهة وأسوة ببقية المؤسسات التعليمية في الجامعة من جهـــــة أخــرى تم إطلاق تسميــــة "المعهد العالي للتخطيط الحضري والإقليمي" بدلاً مــــــــن "مركز التخطيط الحضري والإقليمي للدراسات العليا". وقد حصلت موافقة رئاسة الجامعة على ذلك بكتابها المرقم 1183 في 28 / 6/ 2003.

على ضوء التطور اللاحق في العمل باتجاه تعميق التخصص وترصين المسيرة العلمية وتحقيق أهدافه، فقد استقر المعهد في هيكله التنظيمي الحالي والذي يتضمن ثلاث مجموعات رئيسية للكادر:

أ .  التعليمي (الكادر التدريسي).

ب. الفني والذي يتمثل في مختبر الحاسوب، والانترنيت والمكتبة وكذلك المكتبة الرقمية.

ج.  الإداري والخدمات.